Une étude menée par l’Université du Costa Rica (UCR) montre que les connaissances sur les champignons du pays restent incomplètes. L’étude a analysé plus de 78 000 données collectées sur environ 170 ans et a permis d’actualiser le nombre d’espèces de champignons connues au Costa Rica.

Les résultats indiquent que 6 789 espèces de champignons sont actuellement documentées dans le pays. Cependant, différentes méthodes utilisées par les chercheurs estiment que la diversité réelle pourrait être considérablement plus importante, avec des estimations allant jusqu’à 40 373 espèces.

Ce chiffre correspond à une estimation de la diversité potentielle et ne signifie pas que les 40 373 espèces ont déjà été découvertes et identifiées scientifiquement.

Une base de données constituée sur 170 ans

L’étude, menée par des chercheurs de l’Université du Costa Rica, a rassemblé 78 333 données concernant des champignons provenant de collections biologiques nationales et internationales.

Ces données couvrent environ 170 ans de recherche, du milieu du XIXe siècle jusqu’aux années récentes. La majorité des spécimens provient de fongariums, des collections scientifiques spécialisées qui conservent des spécimens de champignons, tandis qu’une plus petite proportion provient de collections de cultures.

Parmi les principales collections costariciennes utilisées figurent celles de l’Herbier Luis Fournier Origgi de l’Université du Costa Rica et celles de l’Herbier national, associé au Musée national du Costa Rica. Des spécimens conservés dans des institutions scientifiques d’autres pays ont également été intégrés.

L’UCR a expliqué que la constitution de cette base de données a nécessité de rassembler des informations provenant de milliers de données, de standardiser des informations issues de différentes sources et de mettre à jour des classifications taxonomiques devenues obsolètes.

Le nombre d’espèces connues a augmenté

Avant l’intégration des informations provenant des collections et de la littérature scientifique, 5 676 espèces de champignons étaient reconnues au Costa Rica.

L’étude porte désormais ce chiffre à 6 789 espèces connues, soit une augmentation de près de 20 %.

Cependant, les chercheurs soulignent que les collections scientifiques ne représentent pas toute la diversité présente sur le territoire national. Sur les 78 333 données analysées, une grande partie n’a pas encore été identifiée jusqu’au niveau de l’espèce.

En particulier, environ 80 % des données n’étaient identifiées que jusqu’au niveau du genre. Cela signifie que les chercheurs pouvaient déterminer à quel groupe appartenait un champignon, mais ne pouvaient pas nécessairement identifier son espèce exacte.

Cette situation rend difficile la détermination de la rareté réelle de certains champignons ou de savoir s’ils ont simplement été très peu récoltés.

Combien d’espèces de champignons pourraient exister ?

Afin d’estimer la diversité qui pourrait encore ne pas être documentée, les chercheurs ont utilisé différentes méthodes d’estimation.

Lorsque seules les données provenant des collections ont été analysées, l’étude a estimé une richesse potentielle d’environ 4 155 espèces. Ce chiffre est inférieur au nombre total d’espèces connues car les collections et la liste des espèces ne contiennent pas exactement les mêmes informations.

Les chercheurs ont également utilisé des méthodes qui ne dépendent pas exclusivement des collections. Selon la méthode utilisée, les estimations étaient d’environ 6 911 espèces, 25 798 espèces ou jusqu’à 40 373 espèces.

L’estimation la plus élevée a été obtenue en comparant la diversité des champignons à celle des plantes dans le pays.

L’étude n’établit donc pas que le Costa Rica compte 40 373 espèces de champignons confirmées. Ce chiffre représente l’un des scénarios utilisés pour estimer quelle quantité de diversité pourrait encore rester inconnue ou non documentée.

Des régions encore peu étudiées

Les données rassemblées montrent également que les recherches sur les champignons ne sont pas réparties de manière uniforme sur l’ensemble du territoire national.

Certaines régions disposent d’un plus grand nombre de données, notamment certains secteurs de la cordillère de Talamanca, de la péninsule d’Osa et de certaines zones de Guanacaste.

À l’inverse, d’autres régions sont beaucoup moins représentées dans les collections scientifiques. C’est notamment le cas de certaines parties de la péninsule de Nicoya, du Pacifique central et de certaines zones forestières situées dans les montagnes de Guanacaste.

Cette répartition inégale signifie que l’absence de données dans une région n’indique pas nécessairement une diversité moindre de champignons. Elle peut également s’expliquer par le fait que peu de recherches ou de collectes y ont encore été réalisées.

Le lien entre les champignons et la saison des pluies

L’étude s’est également intéressée aux périodes de l’année durant lesquelles les champignons ont été récoltés.

Les chercheurs ont observé un plus grand nombre de spécimens collectés pendant la saison des pluies. La production des fructifications, les structures qui permettent à de nombreux champignons d’être visibles et de se reproduire, était associée aux périodes de forte humidité.

Dans les données analysées, la médiane était de 98 spécimens récoltés par jour pendant la saison sèche, contre 181 pendant la saison des pluies.

Les chercheurs précisent toutefois que cette différence peut également être influencée par les habitudes de collecte des scientifiques. Il est possible que davantage d’expéditions aient été réalisées pendant les mois les plus humides, lorsque de nombreux champignons sont plus visibles.

Malgré cela, le phénomène observé montre une relation importante entre les conditions d’humidité et l’activité fongique enregistrée.

Les champignons jouent un rôle essentiel dans les écosystèmes

Bien qu’ils reçoivent souvent moins d’attention que les mammifères, les oiseaux ou les plantes, les champignons remplissent des fonctions fondamentales au sein des écosystèmes.

Ils participent à la décomposition de la matière organique et contribuent au recyclage des nutriments dans les sols. Certaines espèces établissent des relations avec les racines des plantes et peuvent aider celles-ci à obtenir de l’eau et des minéraux.

D’autres champignons sont associés à des maladies végétales, tandis que certaines espèces présentent un potentiel d’utilisation dans des domaines tels que la médecine, l’agriculture ou la lutte biologique contre les ravageurs.

L’étude de l’UCR souligne précisément la nécessité d’intégrer les champignons de manière plus systématique aux études sur la biodiversité et aux stratégies de conservation.

Les collections scientifiques comme archives de la biodiversité

Les chercheurs soulignent également la valeur des collections biologiques pour comprendre l’évolution de la biodiversité au fil du temps.

Chaque spécimen conservé peut fournir des informations sur le lieu et la date de sa collecte. En réunissant des milliers de données de ce type, les scientifiques peuvent analyser les modèles de répartition et comparer différentes périodes historiques.

Au Costa Rica, les collections de champignons ont connu une croissance importante entre 1990 et 2015, période durant laquelle de nombreuses recherches et collectes ont été réalisées dans différentes régions du pays.

Les chercheurs considèrent désormais qu’il est nécessaire de continuer à enrichir ces collections et d’améliorer l’identification des spécimens qui n’ont pas encore été étudiés jusqu’au niveau de l’espèce.

Un défi pour la recherche et la conservation

L’étude identifie plusieurs besoins pour améliorer les connaissances sur les champignons du Costa Rica : mener davantage de travaux de terrain dans les régions peu étudiées, mieux identifier les spécimens déjà conservés dans les collections, standardiser les informations concernant les lieux où les champignons sont présents et renforcer la conservation des échantillons pour les recherches futures.

Les auteurs soulignent également l’importance de créer une collection nationale de cultures microbiennes permettant de conserver des échantillons vivants et de faciliter leur étude à long terme.

Pour le Costa Rica, qui possède une longue tradition de recherche et de conservation de la biodiversité, ces résultats montrent qu’une partie importante de la diversité biologique du pays reste encore peu étudiée.

Les champignons représentent l’un de ces domaines de connaissance. Leur étude permet non seulement d’élargir l’inventaire des espèces présentes sur le territoire, mais également de mieux comprendre le fonctionnement des écosystèmes et les changements potentiels qu’ils pourraient subir face aux transformations environnementales.

Sources

• Université du Costa Rica (UCR) : « Una base de datos de la UCR forma parte del Informe sobre el Estado Mundial de las Plantas y los Hongos 2026 », 16 juin 2026.
• Mardones, Melissa ; Carranza-Velázquez, Julieta ; Rojas, Carlos : « Exploring Costa Rica’s fungal trends: Insights from digitized specimens », Plants, People, Planet, publié le 31 mars 2026.
• Université du Costa Rica — Centre de recherche sur la biodiversité et l’écologie tropicale (CIBET) : informations sur les recherches liées à la diversité et à l’écologie des champignons du Costa Rica.
• Musée national du Costa Rica : « Biodiversidad en la Gran Área Metropolitana, Hongos ».
• The Tico Times : « Costa Rica Could Be Home to More Than 40,000 Fungal Species, Study Finds », 28 septembre 2026.